kuma雑記

Blast+と長年慣れ親しんできたBlast（legacy Blastというそうだ）でデフォルトオプションが違う。
Blast+のblastnでlegacy Blastのblastnと同じ結果を出したい時
-task blastnと-reward 1を指定すればいいらしい。
肝心のblastpに関しては調べ中。
比較した感じだとlegacyよりもblast+のほうがデフォルト閾値がユルイっぽい。
legacy⊆blast+な感じの結果が出てる。

Ion Torrent：水素イオンの計測。蛍光色素を使わないのね。
http://www.youtube.com/watch?v=yVf2295JqUg

基本はPyrosequencingかな
http://www.youtube.com/watch?v=kYAGFrbGl6E

プロモーションヴィデヲ：おまけ
http://www.youtube.com/watch?v=Kg9D4zEC16M

成功率が95％の検出方法がある。
このとき連続35回の検出を行った際に、すべて成功する確率は
pow(0.95,35)=0.16608338398760716
17％ぐらい。
一方で2回までの検出失敗が起きても許容する場合は、
nCr(35,0)*pow(0.95,35)+nCr(35,1)*pow(0.95,34)*pow(0.05,1)+nCr(35,2)*pow(0.95,33)*pow(0.05,2)=0.745765001229671
つまり75％ぐらいはたかだか2回の検出失敗に収まるわけだ。

一方で成功率が99.9％の場合ですべて成功する確率は
pow(0.999,35)=0.9655885070369844
97％だ。すげえ。
nCr(35,0)*pow(0.999,35)+nCr(35,1)*pow(0.999,34)*pow(0.001,1)+nCr(35,2)*pow(0.999,33)*pow(0.001,2)=0.9999936101483392
理論上2回の検出失敗にほぼ収まる。

これまで精度との張り付き率の乖離を考えると…95％精度だとほとんど貼り付けできないんじゃないのか？

複数の連続したスペースを１つにまとめる
tr -s " "

ls -lでファイルサイズとファイル名だけをcutするときなんか便利
ls -l |tr -s " "|cut -f5,9 -d" "
とか

PCがクラッシュしおったので、むしゃくしゃしてOutlook2007を使ってみた。
が、文章を書いているときに不具合が出まくる。
不具合は以下の通り
・日本語入力時に未確定部分が勝手に確定される
・入力している最中の未確定部分がいきなり消える

行った対処法
・ツール→オプション→メール形式→編集オプション→詳細設定→変換中の文字列を文書に挿入モードで入力するをオフ
・（同じ所）日本語入力のオン/オフを自動的に切り替えるをオフ
・ツール→オプション→メール形式→編集オプション→文章校正を全部オフ

とりあえず不具合が起きてないからよしとする。

追記：
下記の不具合は相変わらず起きる。Officeいらんことしすぎ

今日はGeMDBJに感謝
ID変換
http://biodb.jp/index.cgi?lang=jp
GOに関するツールまとめ
https://gemdbj.nibio.go.jp/dgdb/web/common/GoTools.jsp

日本語ってのが有り難い

Excelで改行を置換するとき「\n」じゃダメ。
置換元のボックスの中でCtrl+jを押して（見えないけれど改行が入力されているらしい）置換。
知ってて損はないかと。

EclipseはJAVA専用かと思いきや、Perlも対応しているそうだ。
http://ja.wikipedia.org/wiki/Eclipse_%28%E7%B5%B1%E5%90%88%E9%96%8B%E7%99%BA%E7%92%B0%E5%A2%83%29
EPICというプラグインを入れるといいらしい。
http://www.eclipsewiki.net/eclipse/?epic

なんかよさげ。
問題は１つ。Windowsでの開発を前提にしてるっぽい。（cygwin、ActivPerlで実行）
Windowsでコードを書く→プログラムの実体と実行はLinuxサーバーという対応ができれば大変嬉しい。

要調査

tail -n 10　：最後の10行
tail -n +10　：10行目から全部

例：
test.txtの内容
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

tail -n 3 test.txt
8
9
10

tail -n +3 test.txt
3
4
5
6
7
8
9
10
##########################################################

head -n 10　：先頭から10行
head -n -10　：下から10行目まで全部

例：
head -n 3 test.txt
1
2
3

tail -n -3 test.txt
1
2
3
4
5
6
7

NCBIのEFecth
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/efetchseq_help.html

NCBIのデータをWeb経由でとるのに便利。
例えばADH93707タンパクのFastaをとる場合。
"http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&id=Q9K5L5&complexity=0&rettype=fasta

Exampleみれば自分の目的のモノがだいたいあるみたい。
Bioperlのオンライン経由でとるアレだとえらく失敗するのでこっちを使ってみてもイイかも。