2012年07月17日

ChIP-Ripおぼえがき

ChIPSeq:あるDNA結合タンパクが結合しているDNA(領域)を免疫沈降してシークエンシング
RipSeq:あるRNA結合タンパクが結合しているRNA(領域)を免疫(?)沈降してシークエンシング

ChIPSeqは結合するDNA領域がわかる
RipSeqは結合するRNA(領域)がわかる

余談:SPACEALCより
RIP
=requiescat in pace
〈ラテン語〉安らかに眠れ
posted by kuma at 20:40| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2011年08月05日

Blast+と昔のBlast

Blast+と長年慣れ親しんできたBlast(legacy Blastというそうだ)でデフォルトオプションが違う。
Blast+のblastnでlegacy Blastのblastnと同じ結果を出したい時
-task blastnと-reward 1を指定すればいいらしい。
肝心のblastpに関しては調べ中。
比較した感じだとlegacyよりもblast+のほうがデフォルト閾値がユルイっぽい。
legacy⊆blast+な感じの結果が出てる。
posted by kuma at 16:26| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2011年05月09日

Ion Torrentのケミストリー

Ion Torrent:水素イオンの計測。蛍光色素を使わないのね。
http://www.youtube.com/watch?v=yVf2295JqUg

基本はPyrosequencingかな
http://www.youtube.com/watch?v=kYAGFrbGl6E

プロモーションヴィデヲ:おまけ
http://www.youtube.com/watch?v=Kg9D4zEC16M
posted by kuma at 11:32| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2011年02月14日

精度95%とは

成功率が95%の検出方法がある。
このとき連続35回の検出を行った際に、すべて成功する確率は
pow(0.95,35)=0.16608338398760716
17%ぐらい。
一方で2回までの検出失敗が起きても許容する場合は、
nCr(35,0)*pow(0.95,35)+nCr(35,1)*pow(0.95,34)*pow(0.05,1)+nCr(35,2)*pow(0.95,33)*pow(0.05,2)=0.745765001229671
つまり75%ぐらいはたかだか2回の検出失敗に収まるわけだ。

一方で成功率が99.9%の場合ですべて成功する確率は
pow(0.999,35)=0.9655885070369844
97%だ。すげえ。
nCr(35,0)*pow(0.999,35)+nCr(35,1)*pow(0.999,34)*pow(0.001,1)+nCr(35,2)*pow(0.999,33)*pow(0.001,2)=0.9999936101483392
理論上2回の検出失敗にほぼ収まる。

これまで精度との張り付き率の乖離を考えると…95%精度だとほとんど貼り付けできないんじゃないのか?
posted by kuma at 14:49| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2011年01月07日

複数の連続スペースをまとめる

複数の連続したスペースを1つにまとめる
tr -s " "

ls -lでファイルサイズとファイル名だけをcutするときなんか便利
ls -l |tr -s " "|cut -f5,9 -d" "
とか
posted by kuma at 14:53| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2010年09月16日

Outlook2007とATOK2008の競合不具合

PCがクラッシュしおったので、むしゃくしゃしてOutlook2007を使ってみた。
が、文章を書いているときに不具合が出まくる。
不具合は以下の通り
・日本語入力時に未確定部分が勝手に確定される
・入力している最中の未確定部分がいきなり消える

行った対処法
・ツール→オプション→メール形式→編集オプション→詳細設定→変換中の文字列を文書に挿入モードで入力するをオフ
・(同じ所)日本語入力のオン/オフを自動的に切り替えるをオフ
・ツール→オプション→メール形式→編集オプション→文章校正を全部オフ

とりあえず不具合が起きてないからよしとする。

追記:
下記の不具合は相変わらず起きる。Officeいらんことしすぎ
posted by kuma at 12:49| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2010年08月31日

GOやらID変換やら

今日はGeMDBJに感謝
ID変換
http://biodb.jp/index.cgi?lang=jp
GOに関するツールまとめ
https://gemdbj.nibio.go.jp/dgdb/web/common/GoTools.jsp

日本語ってのが有り難い
posted by kuma at 09:39| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2010年08月30日

メモ

Excelで改行を置換するとき「\n」じゃダメ。
置換元のボックスの中でCtrl+jを押して(見えないけれど改行が入力されているらしい)置換。
知ってて損はないかと。
posted by kuma at 10:59| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Perlの開発をEclipseで行う

EclipseはJAVA専用かと思いきや、Perlも対応しているそうだ。
http://ja.wikipedia.org/wiki/Eclipse_%28%E7%B5%B1%E5%90%88%E9%96%8B%E7%99%BA%E7%92%B0%E5%A2%83%29
EPICというプラグインを入れるといいらしい。
http://www.eclipsewiki.net/eclipse/?epic

なんかよさげ。
問題は1つ。Windowsでの開発を前提にしてるっぽい。(cygwin、ActivPerlで実行)
Windowsでコードを書く→プログラムの実体と実行はLinuxサーバーという対応ができれば大変嬉しい。

要調査
posted by kuma at 10:44| Comment(0) | TrackBack(0) | perl | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2010年07月14日

tailとhead

tail -n 10 :最後の10行
tail -n +10 :10行目から全部

例:
test.txtの内容
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

tail -n 3 test.txt
8
9
10

tail -n +3 test.txt
3
4
5
6
7
8
9
10
##########################################################

head -n 10 :先頭から10行
head -n -10 :下から10行目まで全部

例:
head -n 3 test.txt
1
2
3

tail -n -3 test.txt
1
2
3
4
5
6
7
posted by kuma at 13:14| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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