2009年07月07日

猫よけ続報

先日よりシート部分に猫よけマットを敷き詰める作戦を実施している。
設置直後にマットの上で足掻いて毛が散乱していた形跡を一度だけ確認した事を除いては、二輪車に近づいた形跡なし。

現在我が軍の「猫よけマット絨毯攻撃」により戦況は有利にあると確信。
posted by kuma at 11:44| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年07月03日

wwwblastのインストールと設定

wwwblastのインストール設定方法。

NCBIからBLASTを取ってくる。
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/

gzip -d wwwblastXXXXXX.tar.gz
tar -xvpf wwwblastXXXXXX.tar

これだとパーミッションも保持できる。
解答するとblastってフォルダができる。

次にアパッチ設定。
ここではhtmlを/kuma/html、cgiを/kuma/cgi-bin
とする。

/kuma/htmlにblastフォルダコピー
cgi-binに実行ファイルを移動させる。blast.cgiとかね。
(面倒だったら危険だけど丸ごとコピー)
dbにformatdbしたデータベースを放り込む。
例えばkuma_est.nuc*とかkuma_est.pep

blast.htmlその他のそれっぽいhtmlの
FORM ACTION="blast.cgi" METHOD = POST NAME="MainBlastForm" ENCTYPE= "multipart/form-data"
のblast.cgiを/kuma/cgi-bin/blast.cgiに変更。
それと
option VALUE = "test_na_db" test_na_db
のところに放り込んだデータベースを書く。
この場合test_na_dbをkuma_est.fasta

blast.rcを書き換える
blastn kuma_est.nuc
blastp kuma_est.pep
etc
データベースが複数の場合はスペースで区切る。
最後に画像出力ファイルを保存するTmpGifsのパーミッションを変更する。

以上たぶん動く。

注意:これはローカルな環境で動かすことを想定してます。外部と繋がった環境でまんまこれをやると危険なのできちんと設定してください。
posted by kuma at 14:13| Comment(1) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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