2009年05月22日

GFFファイルの可視化その2

以前gff2psについて書いたけれど、こいつのプログラムにちょっと手を入れると幸せになるので報告。

##########注意!!##############
kumaが使っているバージョンはgff2ps_v0.98d。
kumaがこれを走らせているOSはCentOSやらのLinux系。
kumaはプログランミグができない。
kumaは嘘つきである。
############################

このプログラムは「sort」コマンドを内部で使ってるんだけれど、どーも作者のsortコマンドがLinuxでのsortコマンドオプションと一部異なるため、正常に動作しない場合があるようだ。

んで解決策
2565行目あたり
fsort = "sort +0bn +1bn +2bnr -3 +5bnr -6"

fsort = "sort -k1bn -k2bn -k3bnr -k4 -k5bnr -k6";

にしたらLinuxではうまくいくかも。(あってるかどうかはしらん)
とりあえずkumaのぱそこんではうごいたよ^^
posted by kuma at 17:25| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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