2009年07月03日

wwwblastのインストールと設定

wwwblastのインストール設定方法。

NCBIからBLASTを取ってくる。
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/

gzip -d wwwblastXXXXXX.tar.gz
tar -xvpf wwwblastXXXXXX.tar

これだとパーミッションも保持できる。
解答するとblastってフォルダができる。

次にアパッチ設定。
ここではhtmlを/kuma/html、cgiを/kuma/cgi-bin
とする。

/kuma/htmlにblastフォルダコピー
cgi-binに実行ファイルを移動させる。blast.cgiとかね。
(面倒だったら危険だけど丸ごとコピー)
dbにformatdbしたデータベースを放り込む。
例えばkuma_est.nuc*とかkuma_est.pep

blast.htmlその他のそれっぽいhtmlの
FORM ACTION="blast.cgi" METHOD = POST NAME="MainBlastForm" ENCTYPE= "multipart/form-data"
のblast.cgiを/kuma/cgi-bin/blast.cgiに変更。
それと
option VALUE = "test_na_db" test_na_db
のところに放り込んだデータベースを書く。
この場合test_na_dbをkuma_est.fasta

blast.rcを書き換える
blastn kuma_est.nuc
blastp kuma_est.pep
etc
データベースが複数の場合はスペースで区切る。
最後に画像出力ファイルを保存するTmpGifsのパーミッションを変更する。

以上たぶん動く。

注意:これはローカルな環境で動かすことを想定してます。外部と繋がった環境でまんまこれをやると危険なのできちんと設定してください。
posted by kuma at 14:13| Comment(1) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
この記事へのコメント
wwwblastの最新置場
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/release/2.2.23/wwwblast-2.2.23-x64-linux.tar.gz

2010/08/03現在です
Posted by kuma at 2010年08月03日 08:59
コメントを書く
お名前:

メールアドレス:

ホームページアドレス:

コメント:

認証コード: [必須入力]


※画像の中の文字を半角で入力してください。

この記事へのトラックバック
×

この広告は1年以上新しい記事の投稿がないブログに表示されております。