2012年07月17日

ChIP-Ripおぼえがき

ChIPSeq:あるDNA結合タンパクが結合しているDNA(領域)を免疫沈降してシークエンシング
RipSeq:あるRNA結合タンパクが結合しているRNA(領域)を免疫(?)沈降してシークエンシング

ChIPSeqは結合するDNA領域がわかる
RipSeqは結合するRNA(領域)がわかる

余談:SPACEALCより
RIP
=requiescat in pace
〈ラテン語〉安らかに眠れ
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2011年08月05日

Blast+と昔のBlast

Blast+と長年慣れ親しんできたBlast(legacy Blastというそうだ)でデフォルトオプションが違う。
Blast+のblastnでlegacy Blastのblastnと同じ結果を出したい時
-task blastnと-reward 1を指定すればいいらしい。
肝心のblastpに関しては調べ中。
比較した感じだとlegacyよりもblast+のほうがデフォルト閾値がユルイっぽい。
legacy⊆blast+な感じの結果が出てる。
posted by kuma at 16:26| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2011年05月09日

Ion Torrentのケミストリー

Ion Torrent:水素イオンの計測。蛍光色素を使わないのね。
http://www.youtube.com/watch?v=yVf2295JqUg

基本はPyrosequencingかな
http://www.youtube.com/watch?v=kYAGFrbGl6E

プロモーションヴィデヲ:おまけ
http://www.youtube.com/watch?v=Kg9D4zEC16M
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2011年02月14日

精度95%とは

成功率が95%の検出方法がある。
このとき連続35回の検出を行った際に、すべて成功する確率は
pow(0.95,35)=0.16608338398760716
17%ぐらい。
一方で2回までの検出失敗が起きても許容する場合は、
nCr(35,0)*pow(0.95,35)+nCr(35,1)*pow(0.95,34)*pow(0.05,1)+nCr(35,2)*pow(0.95,33)*pow(0.05,2)=0.745765001229671
つまり75%ぐらいはたかだか2回の検出失敗に収まるわけだ。

一方で成功率が99.9%の場合ですべて成功する確率は
pow(0.999,35)=0.9655885070369844
97%だ。すげえ。
nCr(35,0)*pow(0.999,35)+nCr(35,1)*pow(0.999,34)*pow(0.001,1)+nCr(35,2)*pow(0.999,33)*pow(0.001,2)=0.9999936101483392
理論上2回の検出失敗にほぼ収まる。

これまで精度との張り付き率の乖離を考えると…95%精度だとほとんど貼り付けできないんじゃないのか?
posted by kuma at 14:49| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2011年01月07日

複数の連続スペースをまとめる

複数の連続したスペースを1つにまとめる
tr -s " "

ls -lでファイルサイズとファイル名だけをcutするときなんか便利
ls -l |tr -s " "|cut -f5,9 -d" "
とか
posted by kuma at 14:53| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2010年09月16日

Outlook2007とATOK2008の競合不具合

PCがクラッシュしおったので、むしゃくしゃしてOutlook2007を使ってみた。
が、文章を書いているときに不具合が出まくる。
不具合は以下の通り
・日本語入力時に未確定部分が勝手に確定される
・入力している最中の未確定部分がいきなり消える

行った対処法
・ツール→オプション→メール形式→編集オプション→詳細設定→変換中の文字列を文書に挿入モードで入力するをオフ
・(同じ所)日本語入力のオン/オフを自動的に切り替えるをオフ
・ツール→オプション→メール形式→編集オプション→文章校正を全部オフ

とりあえず不具合が起きてないからよしとする。

追記:
下記の不具合は相変わらず起きる。Officeいらんことしすぎ
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2010年08月31日

GOやらID変換やら

今日はGeMDBJに感謝
ID変換
http://biodb.jp/index.cgi?lang=jp
GOに関するツールまとめ
https://gemdbj.nibio.go.jp/dgdb/web/common/GoTools.jsp

日本語ってのが有り難い
posted by kuma at 09:39| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2010年08月30日

メモ

Excelで改行を置換するとき「\n」じゃダメ。
置換元のボックスの中でCtrl+jを押して(見えないけれど改行が入力されているらしい)置換。
知ってて損はないかと。
posted by kuma at 10:59| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2010年07月14日

tailとhead

tail -n 10 :最後の10行
tail -n +10 :10行目から全部

例:
test.txtの内容
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

tail -n 3 test.txt
8
9
10

tail -n +3 test.txt
3
4
5
6
7
8
9
10
##########################################################

head -n 10 :先頭から10行
head -n -10 :下から10行目まで全部

例:
head -n 3 test.txt
1
2
3

tail -n -3 test.txt
1
2
3
4
5
6
7
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2010年06月21日

NCBI EFetch

NCBIのEFecth
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/efetchseq_help.html

NCBIのデータをWeb経由でとるのに便利。
例えばADH93707タンパクのFastaをとる場合。
"http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&id=Q9K5L5&complexity=0&rettype=fasta

Exampleみれば自分の目的のモノがだいたいあるみたい。
Bioperlのオンライン経由でとるアレだとえらく失敗するのでこっちを使ってみてもイイかも。
posted by kuma at 13:23| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2010年04月22日

なんなんだよ

4月も後半なのに吹雪いたり、暑くなったり、雨降ったり。
衣替えができん。
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2010年02月10日

塩基配列を逆配列・相補配列に変換

http://emboss.dbcls.jp/cgi-bin/emboss/revseq

タイトルの通り。GUI操作。だがそれがいい。
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2009年09月09日

猫終息宣言

9日、横浜市の某所のファミリーマート付近において白茶の猫(♂)がカバーの掛けられたバイクに進入しようとしていると通報があり、駆けつけた大柄な男に器物破損罪で現行犯逮捕された。
猫は容疑を全面的に認めており、動機については「ぬくぬくだからやった。今は反省している」と供述している。
この猫はその場で逃走したが、不起訴処分が濃厚のため追跡はされない。

調べでは猫は住所不定、無職、茶白容疑者(5)。「ここのところシートの居心地が悪くて近づいてなかった」と仲間内に触れ回っていた。
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2009年07月07日

猫よけ続報

先日よりシート部分に猫よけマットを敷き詰める作戦を実施している。
設置直後にマットの上で足掻いて毛が散乱していた形跡を一度だけ確認した事を除いては、二輪車に近づいた形跡なし。

現在我が軍の「猫よけマット絨毯攻撃」により戦況は有利にあると確信。
posted by kuma at 11:44| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年07月03日

wwwblastのインストールと設定

wwwblastのインストール設定方法。

NCBIからBLASTを取ってくる。
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/

gzip -d wwwblastXXXXXX.tar.gz
tar -xvpf wwwblastXXXXXX.tar

これだとパーミッションも保持できる。
解答するとblastってフォルダができる。

次にアパッチ設定。
ここではhtmlを/kuma/html、cgiを/kuma/cgi-bin
とする。

/kuma/htmlにblastフォルダコピー
cgi-binに実行ファイルを移動させる。blast.cgiとかね。
(面倒だったら危険だけど丸ごとコピー)
dbにformatdbしたデータベースを放り込む。
例えばkuma_est.nuc*とかkuma_est.pep

blast.htmlその他のそれっぽいhtmlの
FORM ACTION="blast.cgi" METHOD = POST NAME="MainBlastForm" ENCTYPE= "multipart/form-data"
のblast.cgiを/kuma/cgi-bin/blast.cgiに変更。
それと
option VALUE = "test_na_db" test_na_db
のところに放り込んだデータベースを書く。
この場合test_na_dbをkuma_est.fasta

blast.rcを書き換える
blastn kuma_est.nuc
blastp kuma_est.pep
etc
データベースが複数の場合はスペースで区切る。
最後に画像出力ファイルを保存するTmpGifsのパーミッションを変更する。

以上たぶん動く。

注意:これはローカルな環境で動かすことを想定してます。外部と繋がった環境でまんまこれをやると危険なのできちんと設定してください。
posted by kuma at 14:13| Comment(1) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年06月29日

猫よけ剤効果なし

車両を念入りに洗車後、猫よけ剤を設置したものの効果なし。
また二輪車を寝床にしているのではなく、雨宿りの場所として使っているのかもしれない。

明日よりしばらく雨が降るようなので、本日猫よけマットの設置を行って様子を見ることにする。
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2009年06月25日

開戦に当っての物資

物資到着

1:猫よけ剤 (ペレット状)
2:猫よけシート (60cm X 20cmを3枚)
3:固定バンド (1mを2本)
4:猫よけ剤保存用容器 (700cc)
5:網状袋 (猫よけ剤用)

追加報告:
残された抜け毛より、白と茶の野良猫単体、もしくは白と茶の二匹が住処にしていると考えられる。
ただし前者の方が可能性が高いと思われる。我が軍の塵芥置場にて夜間目撃情報有り。


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posted by kuma at 14:30| Comment(1) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

猫との知恵比べ開戦

平成21年6月25日 熊機械化師団 二輪車部隊より打電

以下本文

我が軍の二輪車の座席部分を野良猫が住処と決めたらしい。
バイクカバーを外すと、二輪車に毛が生えたかと思うほどの大量の抜け毛を発見。
猫という生き物は縄張り意識が強いらしく、一度住処と決められると御退去いただくのは至難の業であるという報告がある。

しかしこのままでは熊二輪車が猫二輪車と化してしまう。よって本日開戦を決意。

前哨戦とし猫よけ剤をステップに一つずつ、座席部分に猫よけシートを設置し、野良猫への牽制を行う。

しかしこれらの作戦には問題が存在する。

1:猫よけ剤は刺激臭により猫を警戒させることで効果が上がる。しかしながら、この刺激臭に猫が慣れてしまった場合は全く効果がなくなる報告有り。
2:猫よけシートは人工芝を粗くしたようなものであり、この上を歩行、寝そべりは不快感を生じる。この効果により猫が猫よけシートの上に居づらくなることが期待できるが、猫もただ座して諦めることはなく、このシートを外そうとする行動に出る報告が有り。

それぞれの解決策(案)
1:慣れさせにくくするために、定期的に猫よけ剤の種類を変更する。変更する間隔は今後実施と様子を見て決定する。
2:猫よけシートが外されないように、ゴム紐を用いてバイクシートに固定する。ただし、我が軍の熊バイクのシート面積は広いため、完全にカバーすることは難しいかもしれない。

以上の作戦を提案する。

至急、必要物資を送られたし。
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posted by kuma at 14:20| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年05月22日

GFFファイルの可視化その2

以前gff2psについて書いたけれど、こいつのプログラムにちょっと手を入れると幸せになるので報告。

##########注意!!##############
kumaが使っているバージョンはgff2ps_v0.98d。
kumaがこれを走らせているOSはCentOSやらのLinux系。
kumaはプログランミグができない。
kumaは嘘つきである。
############################

このプログラムは「sort」コマンドを内部で使ってるんだけれど、どーも作者のsortコマンドがLinuxでのsortコマンドオプションと一部異なるため、正常に動作しない場合があるようだ。

んで解決策
2565行目あたり
fsort = "sort +0bn +1bn +2bnr -3 +5bnr -6"

fsort = "sort -k1bn -k2bn -k3bnr -k4 -k5bnr -k6";

にしたらLinuxではうまくいくかも。(あってるかどうかはしらん)
とりあえずkumaのぱそこんではうごいたよ^^
posted by kuma at 17:25| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年04月22日

文字化け、妙な文字が出たときの対処法

とりあえずその文字列をunpackしろ。

$string; #変なのが混じってる文字列

@foo=unpack("C*",$string);

#@fooの中には文字列がアスキーコードに置き換えられて格納されてる

確認して。
アスキーコード:文字
1:^A
2:^B
...
など。こいつらにはPerlで対応するメタ文字がないので、とりあえずアスキーコードを書き換えて対処する。たとえば「1」が混じっていたら、「9(タブ)」に置き換えるとか。

アスキーコードは
http://www.geocities.co.jp/Technopolis/6545/moji/ascii.html
ここを参考にしました。

スペシャルサンクス:BSEさん
posted by kuma at 16:27| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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