2008年09月18日

GFFファイルを可視化:gff2ps

GFFファイルをPSファイルに可視化するソフト。
gff2ps
http://genome.imim.es/software/gfftools/GFF2PS.html

論より証拠。GFFと出力のサンプル
http://genome.imim.es/software/gfftools/GFF2PS-Snapshots.html

Draft genomeの遺伝子予測結果を可視化する時にでも。
タグ:bioinfo
posted by kuma at 10:50| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年09月16日

codepad

ブラウザ上でプログラミングできるサイト。
C、C++やらPerlなどなど。
http://codepad.org/
出先などでの簡単なスクリプトを動かすのには非常に便利だと。
デバック画面の色分け等がきれい。
こんな感じのPerlエディターはないものか。
タグ:Perl
posted by kuma at 15:35| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年09月10日

プログラムが実行できない!対処

以前増設したHDDでファイルは書き込めるが、そのHDDの領域においたプログラムが実行できない現象が発生。

>Perl hoge.pl :許可がありません

で結論
まず
/etc/fstabでHDD(/dev/sdc)の状態確認

/dev/sdc /mnt/scd ext defaults 1 2

問題なさそう。
/etc/mtabで確認。

/dev/sdc /mnt/sdc ext2 noexec,rw,nosuid,nodev 0 0

noexec:実行禁止
たしかにHDDはファイル置き場としてつけてもらったもの。
ということで解決策はここに載ってた
http://www.nanbu.com/nanbuwksblog/blog/blog/tb_recieve.php?no=54

mount -o exec,remount /mnt/sdc

でOK。うごいた。
なんか気持ち悪いので/etc/fstabも書き換えた

/dev/sdc /mnt/sdc ext2 rw,nosuid,nodev 1 2

多分大丈夫だと。
タグ:Linux
posted by kuma at 16:39| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

ハッシュのスライスで配列間の重複要素を取り除く

連想配列を使って2つの配列の重複要素を取り除く。

@a=('a','b','c');
@b=('c','d','e');

この配列から重複要素を取り除く。

foreach $a (@a){
$c{$a}=();
}
foreach $a (@a){
$c{$b}=();
}
@d=keys(%c);

なんてことはしなくて良い。
ハッシュのスライスってのを使う。

%c=();
@c{@a}=();
@c{@b}=();
@d=keys(%c);

これでOK。

こんなものがあるとは…
クックブックを改めて読み直した。
タグ:Perl
posted by kuma at 12:15| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年09月16日

びっくり

私のアップしたマニュアルが統合TVで紹介されていました。びっくりです。http://togotv.dbcls.jp/20070914.html
ご紹介ありがとうございます。
…いつどなたに発見されるかな?されないかな?、とドキドキしてたんですが、まさか本家さんにいきなり見つけられるとは思っていませんでした。いやはや脱帽。
posted by kuma at 14:51| Comment(2) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年09月11日

うっかりしてました

先日UCSC Genome Brwoserのことを書いておいたのですが、ファイル自体が見当たらない状態でした。失礼しました。
以下のリンク先から取得できます。失礼しました。
http://www.jaist.ac.jp/~ynishida/
posted by kuma at 15:34| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年09月06日

UCSC Genome Browser

イフサイエンス統合データベースセンターの統合TVの日本語によるウェブリソース不足の現状http://togotv.dbcls.jp/20070807.html)にいたく感銘を受けまして、わたしも何かできることはないかなと思っていたところ、以前にUCSC Genome Browser(http://genome.ucsc.edu/)を勉強てがらマニュアルらしきものを日本語で書いていたので、コレをアップロードしようと思います。
これは初めてこのゲノムブラウザを使う人向けに書いてあります。また日本語がおかしいところがあったり、バージョンアップ前のものですので最新のものには対応してないです(例えばUCSC Geneは書いた時点ではありませんでした)…が、参考程度にはなると思います。
(可能であれば)ぜひご利用くださいませ。
一応ですが転載等をする場合はご一報ください。
posted by kuma at 15:59| Comment(3) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

広告


この広告は60日以上更新がないブログに表示がされております。

以下のいずれかの方法で非表示にすることが可能です。

・記事の投稿、編集をおこなう
・マイブログの【設定】 > 【広告設定】 より、「60日間更新が無い場合」 の 「広告を表示しない」にチェックを入れて保存する。


×

この広告は1年以上新しい記事の投稿がないブログに表示されております。